在被召唤回地球后，企业号的船员发现星际舰队似乎已被无可阻挡的力量所袭击，整个星球也陷入了混乱状态。企业号的船员们决定不惜牺牲，也要找出元凶，并与他们算清旧账……
上一集（星际迷航11），瓦肯星（斯波克的家）被敌人用黑洞吞没了，斯波克不得不跟人类来到地球。柯克船长他们在一次执行任务时，被强大的不明力量袭击。他们找出了元凶，却发现竟然是他们的一个高级船员干的！柯克和斯波克与其他船员在恐惧和迷惑中寻找真相。并且，他们怀疑真正的元凶不是他们的船员。他们试图寻找真正的元凶。他们是否能找出真正的元凶吗。
企业号一开始就经历了充满争议的星际事件后返回地球，新任舰长正想重回太空展开更长久的和平探险任务，不过地球上却不平静。一场灾情惨重的恐怖攻击，曝露出了惊人的事实：星际舰队遭到自己人攻击，甚至整个世界都陷入危险。柯克舰长率领企业号出动，场景横跨克林贡星球到旧金山湾。进取号碰上了擅于阴谋破坏的敌人。柯克带着他们经历到许多怀疑，周旋在朋友和敌人间、复仇和正义间，甚至是全面开战和和平之间。

　企业号虽被调召回到23世纪的地球，但他们却发现， 一股无法阻挡的恐怖力量，不仅从内部摧残星际联邦，更让世界濒临毁灭。企业号舰长詹姆士柯克（克里斯·潘恩饰）将领军对抗战火连天的世界，并且想方设法缉捕聪明绝顶，而前所未见的神秘星际恐怖份子约翰哈里森（本尼迪克特·康伯巴奇饰）。 
　　企业号所有船员包括大副史巴克（扎克瑞·昆图饰）、医疗官连纳“老骨头”麦考伊（卡尔·厄本饰）、轮机长蒙哥马利史考特（西蒙·佩吉饰）、通讯官乌胡拉（佐伊·索尔达娜饰）、舵手苏鲁（约翰·赵饰）、契可夫（安东·尤金饰）还有克里斯多佛派克上将（布鲁斯·格林伍德饰），他们过往所相信的价值观竟开始动摇，不仅爱情受到挑战，友谊也遭到考验，在内忧外患的夹击之下，柯克舰长也将面临抉择，而他视如家人的船员也将在这场更为艰险的黑暗战役里奋力一战。