日军进行南京大屠杀的原因有三，分别如下：

一、泄愤，示威，以及整合内部矛盾，日本原来是狂妄的打算三个月灭亡中国，这是日本“以小吞大”而必然采取的战略方针，其地盘、资源、人口都决定了日本拖不起。但是由于中国军民的强烈抵抗，日军在淞沪战役就苦战了3个月，并且遭受了重大损失。日本内阁在抗战初期本来就和军部有茅盾，反对战争扩大化，现下更有了理由。因此日军打算制造一起大屠杀以瓦解中国人民的抵抗决心。就像当年的蒙古，但凡有人抵抗，必定屠城。就像当年的清军，扬州十日、嘉定三屠，以震慑江南百姓。以小吞大，以野蛮对文明，屠城一向是一个很好用的武器，日本是打算学习这些成功经验的。同时，依靠大屠杀、依靠高歌猛进彻底的将日本内阁牢牢绑到军部这辆战车上。

二、削弱中国的抵抗力量。日本的人数相对中国比较少，要想实现对中国的有效占领，就必须屠杀热血的、适龄的青壮年，以消灭抗日的有生力量。如果剩下的都是老弱病残，或者已经被打断了脊椎骨的青壮年，即便人数再多，日本也无惧，说不定100年后，也有人像歌颂成吉思汗一样歌颂大日本皇军。

三、收集物资，进攻南京的作战开始后不久，疯狂前进的作战部队就把辎重部队远远抛在身后，由于日军原本没有深入内陆作战的后勤准备，部队立即面临着粮食供给中断的严重问题，日本军司令部于是下达了实际是要部队抢劫的“就地征收”命令。日军在抢劫中通常伴随着奸淫妇女的暴行，为了掩盖自己抢劫和强奸的罪恶，日军除了杀死受害人，还经常放火烧毁整个村庄。并且由于辎重、后勤的原因，以及日军激进分子的狂热，进攻南京的作战开始后不久，日军军纪就已经败坏，而且这也是日军高层默许的。在南京以外的苏杭扬等地日军就已犯下一系列暴行，攻占南京以后，这帮畜生正是兽血沸腾的时候，高层勒令不住也不想勒令，因此发生了南京大屠杀的惨案！