倾世皇妃小说和电视剧一样都是最后是以悲剧结尾的，馥雅怀了连城的百孩子，祁佑决定让馥雅回连城的身边，但在交换过程中，连曦向祈佑放了3支毒箭，馥雅转身去救祈佑，而连城却为她挡了那3支箭，中毒而死。在临死之前，他为了让馥雅好受，骗她说自己不是爱她，只是看中了她的美貌和身份。

连城死后，馥雅腹中的孩子也意外地流掉了，连曦想为连城报仇，于是对祁佑宣战，最终打败祁佑。祁佑等成为阶下囚，连曦以祁佑的性版命要求馥雅嫁给他，馥雅同意，但是在大婚当晚，祁佑在狱中自杀，馥雅闻讯后，三千青丝变成白发，吐血而昏倒，但连曦将她救度活，将她囚禁在身边，哪怕只是一个躯壳，因为馥雅知昏倒后像植物人一样，没有苏醒过。十几年后，馥雅醒了就悬梁自尽，追随祈佑而去。