病毒之所以难根治，主要是病毒的结构与感染的方式导致的。病毒是一种非细胞形态的微生物，它体积小，小到高倍数的光学显微镜也看不到，只能用电子显微镜才能观察到。它无细胞器，由基因组核酸和蛋白质外壳组成。基因组仅含一种类型的核酸，或者是核糖核酸(RNA)或者是脱氧核糖核酸(DNA)。在感染后的生存方式上，病毒是非细胞微生物，缺乏完整的酶系统，不能独立进行代谢活动，因而不能像细菌一样进行自我繁殖。病毒感染后，先进入人体血液内，形成病毒血症。随后只能严格地寄生在人体靶细胞内，利用细胞的生物合成机器进行自身的复制并释放子代病毒。换言之，病毒只有进入了活细胞内才能生存和复制，此时只要能识别病毒并能区分哪些是被感染细胞，哪些是健康细胞，把病毒和被感染细胞杀死就能把病治好。可惜的是，到目前为止，现有的合成药物和治疗方法还不具备这种识别和区分功能，又不可能把人体所有细胞都杀死。

同时，病毒极强的变异性也是医学手段对待病毒感染的一大难题。以流感病毒为例，经常是一两年一小变，三五年一大变，每次变异都会引起全球性的大流行。医学界对流感病毒的研制步伐总是赶不上流感病毒的变异速度，流感病毒的变异性使流感预测、疫苗研制、特效药物的研制均成为难题。世界卫生组织每年都要根据全球监测情况推荐代表性病毒毒株，但是生产的疫苗只能针对一种病毒发挥作用，因此即使接种了疫苗，也无法抵御其他类型的病毒。病毒性疾病难治就不言而喻了。

因此，我们必须接受这样一个事实：病毒是不能被杀灭的，但可以被抑制。我们所能做的只能是提高自身免疫力，以预防病毒的入侵；一旦感染，尽可能通过合理选择抗病毒药物的治疗来延长生命，提高生活的质量。