大蛇丸不在佐助刚刚来就把他吞噬主要有以下3个原因：

一，大蛇丸那时没有能力吞噬佐助，大蛇丸其实并不是不想，而是做不到。因为不死转生是有时间限制的，每一次施展对灵魂也是有很大的损伤，一旦施展至少需要数年之后才能再次使用。当时蛇叔因为尸鬼封印双手而痛苦不堪，在佐助没来之前，就已经对幽鬼丸进行了灵魂转生，自然无法对佐助有所图谋。

第二个原因是，不死转生的宿主实力越强，大蛇丸灵魂转身之后对实力才会有所突破。当时宇智波佐助的实力太过于弱小，否则也不会来到大蛇丸这里追求力量。正因为如此，大蛇丸才会不遗余力的教导宇智波佐助，甚至亲自与他实战，来不断的提升佐助的实力，才会选择暂时不吞噬他。

第三个原因大蛇丸从来不是要的单纯的二勾玉写轮眼，宇智波灭族的时候，大蛇丸不知道收集了多少个，甚至大蛇丸还送给了团藏一条充满写轮眼的手臂。如果大蛇丸看中的是普通写轮眼，他也可以自己移植不排斥的写轮眼手臂。大蛇丸看中的是宇智波一族特有的血继限界，以及那至高境界万花筒写轮眼。因为大蛇丸知道，不论怎么做，他都无法让写轮眼进化，卡卡西的万花筒还要得益于带土的开启。所以大蛇丸一直想等待佐助开了万花筒之后再吞噬，在被佐助刺杀他之后，才会一直隐藏佐助的体内。鼬神正是看穿了大蛇丸的真实目的，才使出全力逼出大蛇丸将其彻底封印。